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Recherche bibliographique médicale avec Medline/Pubmed (2/2)

Une approche pratique basée sur l’exemple.

Mise à jour le 19 juillet 2020, par Philippe Eveillard, Thierry Hannedouche, Temps de lecture estimé : 10 min.
 
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Une recherche bibliographique rassemble des notices bibliographiques plus communément appelées références. Par définition, faire une recherche bibliographique consiste à interroger une banque de données par l’intermédiaire d’une interface afin d’obtenir des notices bibliographiques.

Dans cet article nous analyserons les arcanes d’une recherche utilisant la version PubMed de medline.

3. La formulation

L’équation de recherche est formulée de préférence de façon linéaire et en langage MeSH.
Le résultat obtenu après une première requête est rarement satisfaisant. Les reformulations prennent en compte les notions de sensibilité et de précision.

La formulation fait intervenir des opérateurs booléens ou opérateurs logiques .
Les opérateurs booléens sont AND, OR ou NOT, et sont toujours écrits en majuscules.

Un exemple de formulation linéaire où les mots clés, les champs et les opérateurs booléens se succèdent de façon séquentielle :
motclé – champ - opérateur booléen - motclé – champ - opérateur booléen - motclé - champ - opérateur booléen - motclé – champ

A titre d’exemple, la recherche des éditoriaux (à l’exception des mises au point et des commentaires) publiés sur l’appareillage de la dialyse rénale se formule de la façon suivante :
 renal dialysis/instrumentation [mh] AND editorial [pt] NOT (review [pt] OR comment [pt])

En dehors de la formulation linéaire, les autres modalités de formulation automatique comme Preview/index ou semi-automatique comme Limits, sont surtout utiles pour les débutants, généralement plus longues à mettre en œuvre et davantage limitées dans leurs possibilités.

3.1 Langage MeSH

Comme l’interrogation en langage MeSH est la plus adéquate et la plus efficace, il est souhaitable de traduire les mots clés du langage courant en descripteur MeSH (1,2).

Traduire un mot en descripteur MeSH
Neuf fois sur dix, le module terminologie de CISMeF assure la traduction du mot clé en descripteur MeSH. Une fois sur 10 environ, il est nécessaire de faire appel à l’association grand dictionnaire terminologique-bordereau d’indexation de Pubmed.

Le module Terminologie de CISMeF :

  • Définition : CiSMeF est le Catalogue et index des sites médicaux francophones . C’est un Répertoire indexé à l’aide des descripteurs MeSH. 

    Le module Terminologie ne transforme un mot clé en descripteur MeSH que si le mot clé est le descripteur lui même ou l’un de ses synonymes (synonymes MeSH ou synonymes CISMeF). 
La procédure est la suivante : 

    — entrée d’un mot clé simple dans la fenêtre recherche (les mots composés sont décomposés
     si vous faites une recherche sur "arrêt cardiaque", vous n’entrez qu’un des 2 composants dans la fenêtre d’interrogation
    — "arrêt" ou "cardiaque") ; 

    — analyse des résultats (les descripteurs dont la liste s’affiche sous la fenêtre recherche) ; 

    — clic de souris sur le descripteur correspondant à votre recherche ; 

     la page "description" qui s’affiche dans la partie droite de l’écran contient tous les renseignements dont vous avez besoin (et notamment l’intitulé des descripteurs MeSH en version originale et en version française).
  • Deux zones : recherche et information
    La page d’accueil du module est délimitée en 2 zones : 

    — une zone "recherche" avec une fenêtre d’interrogation et une liste de termes ou d’expressions (metatermes, mots clés, qualificatifs, types de ressource, toute la terminologie) dans laquelle il convient de sélectionner le type de terme recherché ; par défaut, la recherche s’effectue dans "toute la terminologie" ; en pratique, la sélection est "mots clés" ou "toute la terminologie" ; 

    — une zone "information" subdivisée en description, navigation et accès aux ressources.
  • Double troncature par défaut 

    Le mot (ou la racine du mot) entré dans la fenêtre d’interrogation de la zone recherche bénéficie par défaut de la double troncature (c’est à dire que la recherche se fait sur : ***mot***). Les résultats apparaissent dans une fenêtre située sous la zone recherche. 


Exemple :
”Arret” (avec sélection "mots clés") affiche : abstention thérapeutique (arrêt de traitement) ; arrêt cardiaque ; arrêt cardiaque provoqué ; arrêt circulatoire en hypothermie profonde ; arrêt du tabac ; codon terminateur (=codon d’arrêt) ; congé maladie (=arrêt maladie) ; mort subite cardiaque ; oesophage de Barrett (à cause del adouble troncature) ; prison (=maison d’arrêt).

• Trois volets d’information 

Pour faire bénéficier un mot clé (descripteur) de l’analyse de la zone "information", il suffit de cliquer sur son intitulé dans la liste figurant sous la zone "recherche". La zone information comporte 3 volets.
Le volet description est celui qui s’affiche par défaut dès que l’on clique sur l’un des mots clés ; il propose : 

— la traduction du mot clé (descripteur en version française) en descripteur MeSH anglais (version originale) ; c’est la réponse à votre principale question (quel est l’équivalent MeSH de tel mot ?) ; 

— les définitions et synonymes MeSH du descripteur français et/ou anglais ; 

— la liste des qualificatifs auxquels le mot clé (le descripteur) peut être affilié (il suffit de passer le pointeur de la souris sur les abréviations des qualificatifs pour avoir leur équivalent en français).

Le volet navigation affiche l’arborescence dans laquelle figure le descripteur (ou les arborescences quand il y en a plusieurs).

Le volet accès aux ressources permet de lancer une recherche dans PubMed ou CISMeF avec le descripteur seul, le descripteur en tant que MeSH Major Topic, le descripteur associé à un filtre "recommandations", au qualificatif "education" ou à un filtre "patient".


Figure 5 : Module terminologie de CiSMeF, un répertoire indecxé et françisé des descripteurs MESH.

Interface PubMed

PubMed est appelé à la rescousse dans les rares cas où le module Terminologie est en échec. 
La traduction d’un mot clé en termes du MeSH comporte 3 étapes : 


  • traduction du mot clé français en mot clé anglais à l’aide d’un des dictionnaires en ligne sur la Toile (Grand dictionnaire terminologique ou Atlas sémantique) ; 

  • interrogation de PubMed à l’aide du mot clé anglais considéré comme un mot du titre (champ [ti]) ; 

  • affichage du bordereau d’indexation des premières notices portant la mention "indexed for MEDLINE". Analyse des descripteurs MeSH figurant dans chaque bordereau et sélection de celui qui correspond le mieux au sens du mot clé. 


Exemple :

Recherche de la traduction en langage MeSH de "traitement conservateur" (dans le contexte du traitement du cancer du sein). 
- Le Grand dictionnaire terminologique propose conservative treatment. 
- L’équation Breast Neoplasms [mh] AND conservative treatment [ti] est entrée dans la fenêtre d’interrogation de PubMed. 
- Dans le bordereau d’indexation de plusieurs notices figure le descripteur Mastectomy, Segmental. 
- La confirmation est fournie par le module Terminologie de CISMeF : Mastectomy, Segmental a comme synonyme Breast-Conserving Surgery.

3.2 Les opérateurs booléens (ou opérateurs logiques)

Définition
Les opérateurs booléens (ou opérateurs logiques) décrivent les relations qui peuvent exister entre 2 mots clés.

Description
Dans PubMed/MEDLINE les opérateurs booléens sont AND, OR et NOT.

AND restreint le champ de la requête. 

Exemple :

 Kidney Failure, Chronic/etiology [mh] AND Diabetes Mellitus/complications [mh]
La recherche porte sur les notices dans le bordereau d’indexation desquelles figurent l’ensemble descripteur/qualificatif Kidney Failure, Chronic/etiology et l’ensemble descripteur/qualificatif Diabetes Mellitus/complications

OR élargit le champ de la requête 

Exemple :

 Kidney Failure, Chronic/etiology [mh] OR Diabetes Mellitus/complications [mh]
La recherche porte sur les notices dans le bordereau d’indexation desquelles figure l’ensemble descripteur/qualificatif Kidney Failure, Chronic/etiology, sur celles dans le bordereau d’indexation desquelles figure l’ensemble descripteur/qualificatif Diabetes Mellitus/complications et sur celles dans le bordereau d’indexation desquelles figurent les 2 ensembles descripteur/qualificatif .

NOT exclut du champ de la requête 

Exemple :

 Kidney Failure, Chronic/etiology [mh] NOT Diabetes Mellitus/complications [mh]
La recherche porte sur les notices dans le bordereau d’indexation desquelles figure l’ensemble descripteur/qualificatif Kidney Failure, Chronic/etiology à l’exception de celles dans le bordereau d’indexation desquelles figure l’ensemble descripteur/qualificatif Diabetes Mellitus/complications

Syntaxe
Les opérateurs booléens sont saisis en lettres capitales. 
La mise entre parenthèses des mots clés encadrant l’opérateur booléen OR est impérative dès que, dans l’équation de recherche, OR est en compagnie d’un ou des deux autres opérateurs booléens.

Exemple :

 albuminuria/etiology [mh] AND obesity/complications [mh] AND (child [mh] OR adolescent [mh]) NOT adult [mh]

3.3 Sensibilité et précision

Analogie
La sensibilité et la précision d’une recherche documentaire sont des notions qui se rapprochent de celles qui caractérisent un test diagnostique. Elles sont analysées en utilisant une table de contingence comme pour la sensibilité/spécificité d’un test diagnostique. 

Dans le tableau à deux entrées des caractéristiques d’un test diagnostique, l’adéquation et l’inadéquation des documents remplacent la présence et l’absence de maladie, et les documents trouvés ou non trouvés de la requête remplacent le résultat positif ou négatif du test diagnostique.


Sensibilité (ou rappel)

La sensibilité d’une recherche documentaire : 


  • correspond à la sensibilité d’un test diagnostique ; 

  • se définit par le rapport des vrais positifs sur la somme des vrais positifs et des faux négatifs.

Sensibilité = a/a+c
La somme des vrais positifs et faux négatifs représente la totalité des documents identifiés "manuellement" par des experts. C’est le "gold standard" des publications anglophones. 
Les vrais positifs sont les documents adéquats trouvés par l’outil de recherche à la suite d’une requête.

Précision

La précision d’une recherche documentaire : 


  • correspond à la valeur prédictive positive d’un test diagnostique ; 

  • se définit par le rapport des vrais positifs sur la somme des vrais et des faux positifs.

Précision = a/a+b

La somme des vrais positifs et des faux positifs correspond à la totalité des documents trouvés par l’outil de recherche (adéquats et inadéquats). Les vrais positifs sont les seuls documents en adéquation.

Number Needed to Read

Le Number Needed to Read (NNR) : 


  • est l’inverse de la précision.

NNR = 1/précision

  • correspond au nombre de documents à consulter (parmi ceux affichés par la requête) avant d’en trouver un en adéquation.

En pratique, la sensibilité d’une recherche bibliographique dans Pubmed est améliorée :

  • si l’on ajoute des mots-clés proches reliés par OR,
  • si l’on enlève des mots-clés reliés par AND,
  • si l’on enlève des qualificatifs affiliés à certains descripteurs
  • et enfin si l’on modifie les champs dans le sens d’un élargissement de l’espace dans lequel se fait la requête ( [tw] plutôt que [mh], [mh] plutôt que [majr] ).

Pour améliorer la précision d’une recherche dans Pubmed, il faut faire le contraire de ce que l’on fait pour améliorer la sensibilité, à savoir :

  • augmenter le nombre de mots-clés reliés par AND
  • réduire le nombre de mots-clés reliés par OR
  • ajouter des qualificatifs aux descripteurs qui n’en ont pas
  • pondérer les descripteurs MeSH en utilisant le champ [majr] plutôt que [mh].

3.4 Limites (« limits »)

Chacune des "limites" corrrespond à un champ différent ([la] ; [pt] ; [dp]). 

L’entrée directe des équations de recherche dans la fenêtre d’interrogation de PubMed est préférée aux entrées automatiques (comme avec le module Preview/Index) ou semi-automatiques (comme avec le module Limits) qui ne permettent pas toujours de contrôler la requête dans le détail.

4. Les filtres

4.1 Définition
Un filtre est une équation de recherche "toute faite" qui, ajoutée à une autre équation, oriente le résultat de la requête.

Les filtres sont des outils précieux qui méritent d’être utilisés largement pour affiner ou personnaliser une recherche bibliographique dans Medline Pubmed.

4.2 Exemple :

Dans PubMed, une requête sur les causes des hypothyroïdies des personnes âgées s’écrit :
 Hypothyroidism/etiology [mh] AND Aged [mh] NOT Adult [mh:noexp]

Avec le filtre des articles en libre accès, l’équation s’écrit : 
- Hypothyroidism/etiology [mh] AND Aged [mh] NOT Adult [mh:noexp] AND free full text [filter]

Avec le filtre etiology (narrow, specific search) des Clinical Queries, l’équation Hypothyroidism/etiology [mh] AND Aged [mh] NOT Adult [mh:noexp] est entrée dans la fenêtre d’interrogation des Clinical Queries de PubMed (rubrique "PubMed Services" dans le cadre bleu à gauche de l’écran).
Après avoir sélectionné "etiology" et "narrow, specific search", un clic de souris sur "GO" affiche le résultat. 
Le résultat correspond à l’équation (clic de souris sur "details") : 

(Hypothyroidism/etiology [mh] AND Aged [mh] NOT Adult [mh:noexp]) AND ((relative [tiab] AND risk* [tiab]) OR (relative risk [tw] OR risks [tw] OR Cohort Studies [mh:noexp] OR (cohort [tiab] AND stud* [tiab]))

4.3 Description

Dans PubMed, on distingue 3 types de filtres : les filtres EBM, les filtres de la série "filter" et les filtres "personnels".

Figure 6 : Fenêtre des filtres dans Pubmed

Les filtres de la série "PubMed Clinical Queries" 

Les travaux de l’université MacMaster au Canada ont conduit à la mise au point de nombreux filtres orientés « evidence-based medicine ». Ces filtres sont présents dans l’espace « Clinical Queries » de Pubmed (colonne de gauche).

Cinq domaines sont concernés par ces filtres : le diagnostic, le traitement, le pronostic, l’étiologie et l’évaluation. Les 2 principaux de ces filtres sont : 

Search by Clinical Study Category 
Les filtres sont ceux développés par le Hedges Team de l’université McMaster (Brian Haynes). Ils concernent le diagnostic, le pronostic, le traitement, l’étiologie et l’évaluation et peuvent être orientés soit dans le sens de la précision (narrow) soit dans celui de la sensibilité (broad). 

Find systematic reviews 
En l’absence de type de publication spécifique pour les revues systématiques (méthodiques), le filtre "systematic reviews" sélectionne les revues systématiques, les méta-analyses, les conférences de consensus, les recommandations et les mises au point sur les essais cliniques.

Les filtres de la série "filter" 

De nombreux mots clés ou descripteurs appartiennent à la série "filter" : les catégories d’âge (adult, child, aged), les langues (german, french, english), les types de publication (editorial, letter, review), les clinical queries (diagnosis/broad, diagnosis/narrow), les sous rubriques (systematic, core clinical journals, free full text).

Les filtres personnels

Chacun, en fonction de ses centres d’intérêt, peut créer un filtre, c’est-à-dire formuler une équation qu’il pourra ajouter à ses requêtes quand il souhaite que celles-ci prennent une orientation particulière, celle représentée par le filtre.

Les filtres personnels sont aussi développés pour palier certaines particularités du thésaurus MeSH, notamment le fait que les spécialités (cardiology, nephrology, dermatology...) ne désignent pas du tout les "pathologies" cardiaques, rénales ou cutanées, mais la spécialité exercée par le cardiologue, le néphrologue ou le dermatologue.

Exemple :
 pour exprimer la néphrologie (domaine des atteintes rénales), le filtre doit prendre en compte plusieurs éléments rassemblés dans un seul filtre :
(renal agents [mh] OR kidney diseases [mh] OR renal replacement therapy [mh] OR kidney function test])

 
 

Références

Les liens sur Internet

PubMed

PubMed : mode d’emploi de la NLM (en anglais)

Cismef – module « terminologie »

Formation à l’utilisation de PubMed (Université Paris Sud)

Doc.edu (Site de P. Eveillard consacré à la recherche documentaire en médecine)

Mode d’emploi de l’URFIST de Strasbourg (2004)

Mode d’emploi de la Bibliothèque Universitaire de Montréal (2006)

Bibliographie

Lowe HJ, Barrett CO Understanding and using the medical subject headings (MeSH) vocabulary to perform literature searches. JAMA, 1994 ;271(14):1103-8 PubMed

Clarke M, Greaves L, James S MeSH terms must be used in Medline searches. BMJ. 1997 Apr 19 ;314(7088):1203. PubMed


Voir en ligne : Recherche bibliographique médicale avec Medline/Pubmed (1/2)