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MEDLINE « facile »

Mise à jour le 19 juillet 2020, par Philippe Eveillard, Temps de lecture estimé : 5 min.
 
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Le premier niveau de sollicitation de MEDLINE est simple à mettre en oeuvre.
Il suffit de « marier » un descripteur et un qualificatif dans le module Terminologie de CISMeF et de partir avec armes et bagages (un clic sur le logo PubMed) dans PubMed, la fonction « Limits » permet de « jouer » avec les dates, les langues, les types de publication.

Le procédé a ses limites (par exemple si la requête comporte plusieurs descripteurs/qualificatifs), mais il fournit l’occasion de découvrir comment interroger MEDLINE avec un minimum de cohérence et d’apprécier le résultat obtenu (en comparant avec une interrogation sauvage « à la Google »).

MEDLINE facile, c’est la première étape.
Vous pouvez en rester là si vos besoins sont modestes. Mais prenez garde à l’addiction.
Si vous devenez « accro » à l’interrogation de cette banque de données, il vous sera rapidement indispensable d’aller plus loin et de faire vos premiers pas dans la « formulation linéaire », celle des experts. Mais, ceci une autre histoire.




Medline/PubMed, les grands principes



Il est impossible d’aborder le mode d’emploi de MEDLINE « facile » sans évoquer le langage et la syntaxe sur lesquels s’appuie la banque de données de la National Library of Medicine (NLM).



Le langage MeSH


Toutes les notices des articles hébergés dans MEDLINE sont indexées à l’aide des termes appartenant à un thésaurus (le thésaurus MeSH).

Si vous utilisez dans votre recherche bibliographique les mêmes termes que ceux employés par les documentalistes pour caractériser le contenu des articles, votre requête en sera d’autant plus adéquate.



Au coeur du langage MeSH figure ce qu’il est convenu d’appeler l’affiliation descripteur/qualificatif.
Le descripteur, c’est le mot clé MeSH, celui qui appartient au thésaurus (24 767 termes).

Le qualificatif, c’est ce qui donne un sens supplémentaire au descripteur (il y en a 83).

L’affiliation descripteur/qualificatif, c’est le mariage du descripteur avec le qualificatif, certains qualificatifs ne pouvant s’affilier qu’à un type de descripteur.

Il y a ainsi des qualificatifs pour les maladies, d’autres pour les médicaments, d’autres encore pour les investigations diagnostiques ou pour les protocoles thérapeutiques.

Dans la fenêtre d’interrogation de PubMed, l’affiliation se formule en interposant un slash entre le descripteur et le qualificatif.



Exemple : Pulmonary Embolism/complications (ou Pulmonary Embolism/CO).



Cette requête n’affiche à l’écran que les notices indexées avec l’affiliation
Pulmonary Embolism/complications

Son résultat est beaucoup plus adéquat que celui obtenu par une formulation du type « pulmonary embolism » complications (exemple type d’une interrogation sauvage « à la Google »).



Le module Terminologie du catalogue du CHU de Rouen est un outil qui transforme vos mots clés du langage médical courant en « mots clés MeSH » version française et version originale et affiche les qualificatifs correspondant à chaque descripteur.



La syntaxe de PubMed
Par rapport aux autres outils de recherche, la syntaxe de PubMed est d’une très grande richesse.

Elle le doit en grande partie au nombre élevé de champs (une quarantaine) qui peuvent être attribués aux mots clés.
Les principaux sont les champs descripteur MeSH, date, langue, auteur, titre de journal, mot du titre, mot du texte.

Toutes ces possibilités de champ se retrouvent dans la fonction « Limits ».



Medline facile, mode d’emploi


La sollicitation élémentaire (premier niveau) de Medline/PubMed comporte 2 étapes, l’une dans le module Terminologie de CISMeF, l’autre dans PubMed grâce à un lien direct entre CISMeF et PubMed.


Etape Terminologie


La fenêtre recherche du module terminologie accueille vos mots clés du langage courant en prenant soin de décomposer vos mots composés.
Par exemple :

  • Entrez "embolie" pour "embolie pulmonaire", "sédimentation" pour "vitesse de sédimentation", "pointe" pour "débit expiratoire de pointe".
  • Dans le cadre qui s’affiche, sélectionner le descripteur (mot clé MeSH) qui correspond le mieux à votre demande et cliquer sur son intitulé.
  • Activer l’onglet « accès aux ressources » et sélectionner (case à cocher) le qualificatif que vous souhaitez affilier au descripteur.
  • Cliquer sur le logo PubMed.



 Etape PubMed

Le clic de souris sur le logo PubMed que vous venez de faire dans le module Terminologie affiche le résultat de la requête « descripteur/qualificatif » dans l’interface de la NLM. 

Il ne vous reste plus qu’à lui imposer des limites. Celles-ci sont justifiées par le très grand nombre de notices qu’affiche généralement une requête effectuée avec une affiliation descripteur/qualificatif.


  • Cliquer sur l´onglet « Limits » pour afficher le formulaire correspondant.
    Celui-ci vous propose de cocher des cases et de dérouler des menus en fonction des limites que vous souhaitez imposer à votre affiliation.
  • A la fin de votre sélection, cliquer sur le « Go » situé soit en haut, soit en bas du formulaire.

Exemple : Vous faites une recherche sur les revues de synthèse disponibles en texte intégral et publiées au cours des 3 dernières années sur la chirurgie du cancer du rein.

L’étape Terminologie :

  • Entrer "rein" dans la fenêtre « recherche » de Terminologie et cliquer sur « OK ».
  • Cliquer sur l’intitulé « tumeurs du rein » dans le cadre de résultat.
  • Activer l’onglet « accès aux ressources » et cocher la case « chirurgie ».
  • Cliquer sur le logo PubMed.

L’étape PubMed :

  • Activer l’onglet « Limits ».
  • Cocher la case « links to free full text » (rubrique : full text, free full text, abstracts) pour n’afficher que les articles disponibles en texte intégral.
  • Sélectionner « 3 years » dans le menu déroulant « published in the last ».
  • Cocher la case « review » dans la rubrique « type of article ».
  • Cliquer sur « Go » en bas du formulaire.

Comment faire quand il y a plusieurs mot-clés ?

Quant il y a plusieurs mots clés, l’interrogation de MEDLINE/PubMed devient moins simple : il y a désormais 3 étapes.

  • La première se passe dans Terminologie à la recherche des descripteurs correspondants aux mots clés.
  • La deuxième se déroule dans le module de recherche avancée de CISMeF et
  • la dernière dans MEDLINE/PubMed.

Exemple : Recherche des recommandations pour la pratique publiées au cours des 5 dernières années en langue française sur le traitement immunosupresseur de la glomérulonéphrite extramembraneuse.

Etape Terminologie



Il s’agit de transformer le mot clé du langage courant "glomérulonéphrite extramembraneuse" en descripteur MeSH (version française) de même que l’expression "traitement immunosuppresseur".


  • Entrer "extramembraneuse" dans la fenêtre « recherche » de Terminologie et cliquer sur « OK ».
  • Sélectionner « glomérulonéphrite extramembraneuse » dans le cadre de résultat.
  • Entrer "immunosupresseur" dans la fenêtre « recherche » de Terminologie et cliquer sur « OK ».

  • Sélectionner "immunosuppresseurs" dans le cadre de résultat.

Etape Module de recherche avancée de CISMeF


  • Entrer "glomérulonéphrite extramembraneuse" dans la fenêtre « mot clé MeSH ».
  • Entrer "timmunosuppresseurs" dans la première fenêtre « tous les champs » et sélectionner « mot clé » dans le menu déroulant.

  • Cliquer sur « lancer la recherche ».
  • Dans la page de résultat, cliquer sur le logo « PubMed » dans la colonne « même recherche avec ».

 Etape Medline/PubMed

  • Activer l’onglet « Limits ».

  • Sélectionner 5 years dans le menu déroulant « published in the last ».
  • Cocher la case « french » dans la rubrique « languages ».
  • Cocher la case « practice guideline » dans la rubrique « type of article ».

  • Cliquer sur « Go » en bas du formulaire.
 
 

Voir en ligne : Article original dans Egora (publié avec l’autorisation de l’éditeur)