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Filtrez vos équations dans PubMed !

Mise à jour le 19 juillet 2020, par Philippe Eveillard, Temps de lecture estimé : 4 min.
 
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Les filtres de PubMed font la richesse de l’interface d’interrogation de MEDLINE.
Cette richesse est souvent considérée comme un obstacle à l’interrogation de la banque de données bibliographiques.

A tort, car elle est un argument supplémentaire pour préférer PubMed à Google Scholar alors que les 2 interfaces explorent sensiblement le même espace bibliographique médical.

Dans PubMed tout est filtré

Dans PubMed, les filtres (filters) se définissent comme étant des mots clés (ou des équations toutes faites) qui sont ajoutés aux éléments de base de l’équation de recherche. 



Dans PubMed, tout est filtre. Pour s’en convaincre, il suffit d’explorer les espaces « Filter » de My NCBI Resources ou de sélectionner « Filter » dans le menu déroulant All Fields de Preview/Index et de cliquer sur Index. 



Les grandes familles de filtres sont :

  • les types de publication,
  • les langues,
  • les dates et
  • les groupes d’âge.

Les autres mots clés considérés comme des filtres (les sous-rubriques ou les articles en texte intégral) sont plus accessoires.
Finalement, seuls les mots clés correspondant aux auteurs ou aux titres des périodiques n’entrent pas dans la catégorie des filtres. 



Deux façon de filtrer

Pour ajouter des filtres à une équation de recherche, vous pouvez soit solliciter la fonction Limits, soit écrire vos filtres en toutes lettres à la suite de votre équation. 



La fonction "Limits"

Fonction préférée des débutants, elle ajoute des filtres de façon automatique en cochant des cases et en déroulant des menus.

Pour obtenir le meilleur résultat possible, vous devez avoir une « bonne base », c’est-à-dire une bonne équation de départ (une ou plusieurs affiliations descripteur/qualificatif) sur laquelle vous allez appliquer vos filtres. 



Exemple avec une recherche des revues générales publiées en français au cours des 5 dernières années sur le diagnostic de l’insuffisance cardiaque des personnes âgées.

L’équation de base (le diagnostic de l’insuffisance cardiaque) est formulée dans la fenêtre d’interrogation de PubMed :

Heart Failure/DI

La fonction « Limits » est activée (clic de souris sur l’onglet).
Les filtres sont sélectionnés dans le formulaire (menu déroulant pour "Published last 5 years" ; cases à cocher pour "french, review, aged").

Un clic de souris sur GO (en bas du formulaire) affiche le résultat (voir copie d’écran).

 La formulation linéaire 



Cette méthode nécessite une maîtrise des notions de champ et d’opérateur booléen.
L’équation de base (l’affiliation descripteur/qualificatif) sont ajoutés les filtres avec leur champ spécifique (ou le champ filter) et les opérateurs booléens qui associent (unissent ou croisent) les éléments de l’équation.

Ces éléments sont alignés dans la fenêtre d’interrogation de PubMed (c’est ce qu’on appelle la formulation « linéaire »). 

L’équation précédente (relative au diagnostic de l’insuffisance cardiaque chez les personnes âgées) s’écrit :


Heart Failure/DI AND review [pt] AND french [la] AND Aged [mh] AND published last 5 years [filter]

Seul le filtre « published last 5 years » doit bénéficier impérativement du champ "filter".
Les autres peuvent conserver leur champ spécifique (type de publication, langue, descripteur) ou adopter le champ filter comme dans l’équation suivante :

Heart Failure/DI AND review [filter] AND french [filter] AND Aged [filter] AND published last 5 years [filter]

Le principal avantage de cette formulation est de laisser au médecin un contrle total de son équation de recherche.
Il peut notamment « jouer » avec les opérateurs booléens comme bon lui semble.

Par exemple, vous souhaitez imposer à l’équation formulée précédemment une classe d’âge sélective (excluant les autres classes d’âge) et une alternative au type de publication "review".

Vous écrivez :

Heart Failure/DI AND (review [filter] OR practice guideline [filter]) AND french [filter] AND aged [filter] NOT adult [filter] AND published last 5 years [filter]

La bande des trois

L’association des 3 filtres ("review, free full text et core clinical journals") à une affiliation descripteur/qualificatif affiche des notices dont l’adéquation est bonne et dont vous pouvez vérifier la validité du contenu. 


  • Les « review » correspondent aux revues générales, c’est-à-dire aux synthèses effectuées à partir d’une revue sélective de la littérature. 

  • Le filtre "free full text" sélectionne les articles disponibles gratuitement dans leur intégralité, car publiés avant le créneau mobile de quelques mois pendant lesquels ils sont « payants ». 

  • Les "Core Clinical Journals" sont les 120 périodiques que les responsables de la National Library of Medicine ont désigné comme étant au coeur de la médecine clinique (et donc « indispensables »). 


L’équation :

Heart Failure/DI AND free full text [filter] AND core clinical journals [filter] AND review [filter]

affiche 57 notices (le 28 mars 2008). 


L’analyse des 20 premières notices révèle une excellente adéquation des résultats. 
L’analyse critique des articles ne pose guère de difficultés puisque vous disposez du texte intégral. 


Dans l’interrogation de MEDLINE, vous ne pouvez pas vous contenter de jeter un ou deux mots clés dans la fenêtre d’interrogation de PubMed.
Si vous êtes dans cet état d’esprit, autant « faire votre marché » dans Google Scholar ! 

PubMed vous offre un éventail de fonctionnalités que vous devez exploiter. Les filtres en font partie.
Judicieusement choisis en fonction de vos attentes en termes de type de publication, de langue ou de date de publication, ils sont les meilleurs garants de la précision de votre requête. 


Si vous préférez associer adéquation et « texte intégral », les 3 filtres review, free full text et core clinical journals sont les meilleurs choix possibles. Ne laissez pas vos équations de recherche dans un état de nudité indécent. Habillez-les avec des filtres ! 


Les onglets "filter" de myNCBI

Grâce au service « My NCBI » de PubMed, vous pouvez mettre en place 1 à 5 filtres dans votre page de résultats. Ainsi, votre requête limitée à une ou deux affiliations descripteur/qualificatif est « filtrée » d’un simple clic de souris sur les onglets adéquats.

Mode d’emploi

  • S’inscrire à My NCBI (quelques dizaines de secondes pour renseigner le formulaire).
  • Dans l’espace My NCBI Resources, cliquer sur « Filters ».
  • Dans la page qui s’affiche, cliquer sur PubMed.
  • Dans la nouvelle page, sélectionner les filtres (parmi les plus courants) que vous souhaitez mettre dans votre page de résultats (exemples : Review ; Free full text ; Published in the last 5 years).
  • Dans cette même page, cliquer sur « browse » pour sélectionner d’autres filtres.
  • Dans la nouvelle page, cliquer sur « Age Groups » puis sélectionner « Aged » et cocher la case « add a result tab ».
  • Cliquer à nouveau sur PubMed et sélectionner "Subsets" puis "Core Clinical Journals" et cocher la case « add a result tab ».
  • Vos filtres sont en place dans la page de résultats.